2006年，原甘肅省種子公司國企改制，成立甘肅種業有限公司。同年公司被評定甘肅省省級龍頭企業。

2007年，建成張掖加工中心綜合大樓。

2008年，舉行甘肅種業有限公司張掖加工中心揭牌與竣工盛大慶典。

2012年，開始籌建涇川研發中心綜合樓。

2016年，涇川研發中心竣工，同年公司被認定為國家高新技術企業和蘭白改革試驗區創新型企業。

2017年，成立張掖分公司。

2018年，由甘肅種業有限公司牽頭組建甘肅省玉米種子產業技術創新戰略聯盟。

2019年，國有股退出，同年制種面積達三萬畝。